COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.763980 2.763980 2.268524
2020-09-09 17:00:00 2.274530 2.274530 2.238318
2020-09-08 17:00:00 2.364842 2.364842 2.237197
2020-09-07 17:00:00 2.722158 1.912587 2.273137
2020-09-06 17:00:00 2.416035 2.416035 2.287559
2020-09-05 17:00:00 2.432615 1.967345 2.293992
2020-09-04 17:00:00 2.388434 1.906750 2.302629

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 1.264368 1.264368 1.593491
2020-09-09 17:00:00 0.497018 0.497018 1.683940
2020-09-08 17:00:00 2.397260 1.453790 1.671027
2020-09-07 17:00:00 2.475248 1.567398 1.643235
2020-09-06 17:00:00 2.716823 2.716823 1.741423
2020-09-05 17:00:00 1.302605 1.302605 1.755472
2020-09-04 17:00:00 2.566735 2.566735 1.790931

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 0.903614 0.903614 0.972010
2020-09-09 17:00:00 2.055800 1.027900 0.941914
2020-09-08 17:00:00 1.054018 1.054018 0.910981
2020-09-07 17:00:00 1.388889 0.156250 0.863281
2020-09-06 17:00:00 2.027027 2.027027 0.816639
2020-09-05 17:00:00 1.054217 1.054217 0.783849
2020-09-04 17:00:00 1.093750 1.093750 0.747835

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 0.573477 1.290323 1.203472
2020-09-09 17:00:00 1.285521 1.285521 1.244092
2020-09-08 17:00:00 0.684932 0.684932 1.261505
2020-09-07 17:00:00 2.741935 1.144781 1.252620
2020-09-06 17:00:00 1.790451 1.790451 1.243578
2020-09-05 17:00:00 0.972364 1.279461 1.221136
2020-09-04 17:00:00 1.128266 1.128266 1.191012

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.988048 2.988048 3.453551
2020-09-09 17:00:00 3.420964 3.420964 3.391985
2020-09-08 17:00:00 4.373024 4.373024 3.295667
2020-09-07 17:00:00 5.969332 5.969332 3.299952
2020-09-06 17:00:00 2.052124 2.052124 3.235600
2020-09-05 17:00:00 2.028986 2.028986 3.256796
2020-09-04 17:00:00 3.420000 3.420000 3.278542

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.288330 2.288330 2.334560
2020-09-09 17:00:00 2.125193 2.125193 2.317866
2020-09-08 17:00:00 2.274377 2.274377 2.296349
2020-09-07 17:00:00 2.690035 2.690035 2.319654
2020-09-06 17:00:00 1.764120 2.448657 2.312666
2020-09-05 17:00:00 2.583026 2.583026 2.305810
2020-09-04 17:00:00 2.271498 2.271498 2.303638

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 4.401806 4.401806 3.051260
2020-09-09 17:00:00 3.882099 3.882099 2.870427
2020-09-08 17:00:00 2.097902 2.097902 2.709557
2020-09-07 17:00:00 1.646707 1.646707 2.680624
2020-09-06 17:00:00 4.464286 4.464286 2.604908
2020-09-05 17:00:00 4.332449 1.768347 2.453490
2020-09-04 17:00:00 2.604757 2.604757 2.373254

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 1.873779 1.873779 1.650813
2020-09-09 17:00:00 2.067580 2.067580 1.626310
2020-09-08 17:00:00 1.439732 1.439732 1.602694
2020-09-07 17:00:00 1.750138 1.750138 1.570951
2020-09-06 17:00:00 1.249232 1.249232 1.544714
2020-09-05 17:00:00 1.617195 1.617195 1.531085
2020-09-04 17:00:00 1.643757 1.643757 1.505314

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 8.056537 8.056537 4.720520
2020-09-09 17:00:00 3.920061 3.920061 4.558359
2020-09-08 17:00:00 4.298187 4.298187 4.356625
2020-09-07 17:00:00 13.915094 4.671417 4.236386
2020-09-06 17:00:00 13.389626 6.272618 4.162717
2020-09-05 17:00:00 5.722892 3.072289 4.087566
2020-09-04 17:00:00 4.376164 4.376164 4.017911

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.160494 2.160494 2.101842
2020-09-09 17:00:00 1.533591 1.533591 2.099703
2020-09-08 17:00:00 2.010833 2.010833 2.103470
2020-09-07 17:00:00 1.613620 3.508512 2.099473
2020-09-06 17:00:00 2.398837 2.398837 2.115732
2020-09-05 17:00:00 2.345686 1.432803 2.117285
2020-09-04 17:00:00 1.682056 2.764108 2.123507

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 4.854369 2.366505 2.199768
2020-09-09 17:00:00 2.294686 2.294686 2.171047
2020-09-08 17:00:00 2.008032 2.008032 2.121073
2020-09-07 17:00:00 1.724138 2.063107 2.018261
2020-09-06 17:00:00 2.478315 2.478315 1.977562
2020-09-05 17:00:00 3.699422 1.965318 1.907527
2020-09-04 17:00:00 2.370990 2.370990 1.872568

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 0.655022 0.655022 1.198798
2020-09-09 17:00:00 0.917431 0.917431 1.126973
2020-09-08 17:00:00 1.948052 1.948052 1.136448
2020-09-07 17:00:00 5.142857 5.142857 1.079965
2020-09-06 17:00:00 0.769231 0.769231 1.015349
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 0.982473
2020-09-04 17:00:00 2.030457 2.030457 0.926860

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 3.412969 3.412969 2.010254
2020-09-09 17:00:00 2.087683 2.087683 1.968641
2020-09-08 17:00:00 0.921659 0.921659 2.015979
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 1.961822
2020-09-06 17:00:00 3.225806 1.530055 1.937790
2020-09-05 17:00:00 3.142077 3.142077 1.884264
2020-09-04 17:00:00 2.522936 2.522936 1.816720

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 12.330827 12.330827 6.734278
2020-09-09 17:00:00 1.886792 1.886792 6.720628
2020-09-08 17:00:00 1.287554 1.287554 6.325415
2020-09-07 17:00:00 8.673469 8.673469 6.163562
2020-09-06 17:00:00 6.122449 6.122449 5.830102
2020-09-05 17:00:00 9.106529 9.106529 5.543514
2020-09-04 17:00:00 4.457364 4.457364 5.295025

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 3.828246 3.828246 2.616059
2020-09-09 17:00:00 4.037491 2.379236 2.610398
2020-09-08 17:00:00 1.838074 1.838074 2.572500
2020-09-07 17:00:00 2.517007 2.517007 2.509123
2020-09-06 17:00:00 2.278275 2.278275 2.486530
2020-09-05 17:00:00 2.630297 2.630297 2.516104
2020-09-04 17:00:00 2.989428 2.989428 2.539231

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.973662 2.973662 2.465424
2020-09-09 17:00:00 2.717848 2.717848 2.454223
2020-09-08 17:00:00 4.741379 2.271220 2.400914
2020-09-07 17:00:00 2.718078 1.590825 2.361020
2020-09-06 17:00:00 3.919007 3.919007 2.381204
2020-09-05 17:00:00 1.763386 1.763386 2.378489
2020-09-04 17:00:00 4.129898 2.329686 2.365097

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 3.839122 3.839122 3.974026
2020-09-09 17:00:00 4.148279 4.148279 3.965708
2020-09-08 17:00:00 4.018913 4.018913 3.889942
2020-09-07 17:00:00 5.640535 5.640535 3.988063
2020-09-06 17:00:00 1.741522 5.041247 3.927490
2020-09-05 17:00:00 3.176931 3.176931 3.937351
2020-09-04 17:00:00 3.628367 3.628367 3.934721

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 3.887055 3.887055 2.725795
2020-09-09 17:00:00 2.495948 2.495948 2.718341
2020-09-08 17:00:00 2.579060 2.579060 2.632132
2020-09-07 17:00:00 3.616236 1.801471 2.607951
2020-09-06 17:00:00 1.911157 1.911157 2.562112
2020-09-05 17:00:00 3.233125 3.233125 2.485678
2020-09-04 17:00:00 3.270440 3.270440 2.435594

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 1.840736 1.840736 1.721160
2020-09-09 17:00:00 1.627219 1.627219 1.698018
2020-09-08 17:00:00 1.401425 1.401425 1.677430
2020-09-07 17:00:00 1.743947 1.743947 1.687238
2020-09-06 17:00:00 1.861175 1.861175 1.701398
2020-09-05 17:00:00 1.768942 1.768942 1.712393
2020-09-04 17:00:00 1.695205 1.695205 1.723966

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 2.287893 2.287893 2.204564
2020-09-09 17:00:00 3.518124 3.518124 2.248333
2020-09-08 17:00:00 0.699301 0.699301 2.184219
2020-09-07 17:00:00 3.282828 1.428571 2.124323
2020-09-06 17:00:00 3.071253 3.071253 2.167513
2020-09-05 17:00:00 1.807910 1.807910 2.111031
2020-09-04 17:00:00 2.645503 3.787879 2.073169

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 0.000000 0.000000 1.729009
2020-09-09 17:00:00 0.000000 0.000000 1.838230
2020-09-08 17:00:00 6.493506 6.493506 1.777764
2020-09-07 17:00:00 0.000000 0.000000 2.345868
2020-09-06 17:00:00 0.000000 0.000000 2.522954
2020-09-05 17:00:00 0.000000 0.000000 2.878581
2020-09-04 17:00:00 4.878049 4.878049 3.137014

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-10 17:00:00 3.366926 3.366926 2.895557
2020-09-09 17:00:00 2.109900 2.109900 2.804177
2020-09-08 17:00:00 2.379334 2.379334 2.782247
2020-09-07 17:00:00 3.441397 3.441397 2.736091
2020-09-06 17:00:00 5.407855 5.407855 2.730038
2020-09-05 17:00:00 3.530516 3.530516 2.680053
2020-09-04 17:00:00 3.655597 1.673808 2.656216

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.264368 1.264368 1.593491
Basilicata 0.903614 0.903614 0.972010
Calabria 0.573477 1.290323 1.203472
Campania 2.988048 2.988048 3.453551
Emilia-Romagna 2.288330 2.288330 2.334560
Friuli Venezia Giulia 4.401806 4.401806 3.051260
Lazio 1.873779 1.873779 1.650813
Liguria 8.056537 8.056537 4.720520
Lombardia 2.160494 2.160494 2.101842
Marche 4.854369 2.366505 2.199768
Molise 0.655022 0.655022 1.198798
P.A. Bolzano 3.412969 3.412969 2.010254
P.A. Trento 12.330827 12.330827 6.734278
Piemonte 3.828246 3.828246 2.616059
Puglia 2.973662 2.973662 2.465424
Sardegna 3.839122 3.839122 3.974026
Sicilia 3.887055 3.887055 2.725795
Toscana 1.840736 1.840736 1.721160
Umbria 2.287893 2.287893 2.204564
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 1.729009
Veneto 3.366926 3.366926 2.895557
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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